Biro Inovasi dan Inkubasi (BII) UKSW merupakan unit yang berada dibawah kantor Pembantu Rektor V Bidang Penelitian dan Pengabdian Masyarakat. Pembentukan biro ini merupakan jawaban atas kebutuhan pengembangan penelitian yang selama ini sudah dilaksanakan oleh sivitas UKSW serta sebagai wujud nyata upaya UKSW untuk menjadi universitas berbasis riset (research university).

Salah satu model universitas berbasis riset adalah model universitas inovatif, dimana kegiatan akademik berkembang bersama dengan kebutuhan inovasi. Universitas berposisi sebagai penghasil inovasi yang oleh Wissema (2009), universitas inovatif ini masuk dalam fase ketiga (third generation university – 3GU). Inovasi atas hasil penelitian merupakan upaya pengembangan produk/jasa/sistem yang memiliki nilai kebaruan dan bermanfaat langsung bagi peningkatan kualitas hidup masyarakat.

UKSW telah berkomitmen untuk berubah menjadi universitas riset dimana kegiatan maupun hasil riset merupakan ciri dominan dari eksistensinya. Canangan menjadi universitas riset menjadi semakin jelas dengan dibentuknya kantor Pembantu Rektor V Bidang Penelitian dan Pengabdian Masyarakat. Untuk terus memantapkan diri sebagai universitas riset maka dibentuklah Biro Inovasi dan Inkubasi (BII) UKSW.

Saat ini, BII UKSW memfokuskan kegiatannya pada 3 (tiga) hal yaitu sebagai Inkubator Teknologi dan Bisnis (InTekBis), Sentra Hak Kekayaan Intelektual (Sentra HKI) dan Salatiga Science Park (SSP).